隠し要素の出現条件を解説しています
| 隠しキャラクター | |
| ルイージ | アドベンチャーのステージ1-1で、タイム○2秒（０２・１２・２２・など）の時にゴールし、次のステージで1分以内にルイージを倒してクリアor対戦ゲームの試合を800回以上おこなう |
| ドクターマリオ | マリオでレギュラー戦をノーコンティニュークリアor対戦を100回おこなう |
| Mr.ゲーム＆ウォッチ | Mr.ゲーム＆ウォッチ以外の全キャラでアドベンチャーorレギュラー戦シンプルorターゲットをこわせ！をクリア。or対戦を1000回以上おこなう。（←キャラは関係ない） |
| マルス | レギュラー戦か対戦を初期の14キャラで1回でもやるor対戦ゲームの試合を400回以上おこなう |
| ロイ | レギュラー戦をマルスでノーコンティニュークリア。or対戦を900回以上おこなう |
| 子供リンク | レギュラー戦をクリアしたキャラが10人以上。or対戦ゲームの試合を500回以上おこなう |
| ガノンドロフ | イベントLV.29「トライフォース集結」をクリア。or対戦を600回以上おこなう |
| ファルコ | 「百人組み手」をクリアor対戦を300回以上おこなう |
| プリン | レギュラー戦をクリア。or対戦を50回以上おこなう |
| ピチュー | イベントLV.37「伝説のポケモンたち」をクリア。or対戦を200回以上おこなう |
| ミュウツー | 対戦時間が20時間以上or対戦を700回以上おこなう |
| 隠しステージ | |
| ブリンスタ深部 | 対戦を50回 |
| フォー・サイド | 対戦を100回 |
| ビッグブルー | 対戦を150回 |
| ポケモン亜空間 | 対戦を200回 |
| いにしえの王国2 | フィギュア「キャサリン」を入手 |
| フラットゾーン | Mr.ゲーム＆ウォッチでレギュラー戦のいずれかをクリア |
| 戦場 | レギュラー戦オールスターをクリア |
| 終点 | イベント戦LV.51をクリア |
| プププランド | ターゲットをこわせ！全キャラでクリア |
| ヨッシーアイランド | 「ホームランコンテスト」の記録を400ｍ以上出す。 |
| コンゴジャングル | 15分耐久組み手を生き残る |
| その他の要素 | |
| 追加ルール［スコア表示］ | 合計撃墜数が5000をこえる |
| ポケモン［ミュウ］ | 全キャラがそろった後、モンスターボールから1/251の確率 で出現 |
| ポケモン［セレビィ］ | ミュウを出現させた後に、モンスターボールから1/251の確率で出現 |
| レギュラー戦オールスター | 全キャラが使えるようになる |
| データ集［サウンドテスト］ | 全キャラ、全ステージがそろう。 |
| 追加ルール ［ランダムステージスイッチ］ |
旧ステ以外の全てのステージを出す |